Kobato è una misteriosa ragazzina molto dolce e spensierata, ma anche estremamente innocente e sprovveduta riguardo al mondo intorno a lei. La sua "missione" è quella di riempire una misteriosa bottiglietta di konpeito, ossia confetti simili a stelle di zucchero, che compaiono ogni qual volta la ragazzina riesce a sollevare l'animo di qualcuno da una qualche sofferenza. Solo compiendo questa missione il suo desiderio di riuscire a raggiungere un misterioso posto potrà essere realizzato.
Una cometa chiamata Charlotte, orbitante intorno alla Terra, vi rilascia ogni settantacinque anni della polvere che spinge una piccola percentuale di bambini a manifestare superpoteri una volta raggiunta la pubertà. Yuu Otosaka, un ragazzo che risveglia l'abilità di possedere temporaneamente gli altri, spera di usare il suo potere per trascorrere le sue giornate scolastiche in tutta tranquillità. Tuttavia, dopo essere stato scoperto dalla misteriosa Nao Tomori, Yuu è costretto a trasferirsi all'accademia Hoshinoumi, dove lui e gli altri membri del consiglio studentesco avranno il compito di aiutare gli altri studenti dotati di abilità.
«Gira e spera, il desiderio si avvera!» (Formula magica di Magical Emi).Mai Kazuki è una ragazzina di 10 anni con la passione per i trucchi di magia e l'arte della prestidigitazione in generale. Figlia di una ex maga e di un pasticciere, Mai sogna di diventare un giorno una famosa e brava prestigiatrice, come il suo idolo Emily Howell, una leggendaria maga degli anni trenta, e di poter entrare a far parte del gruppo dei Magical-Art, compagnia di maghi creata dai suoi nonni.Un giorno durante il trasloco dei nonni, in una grande villa vicino al negozio dei Kazuki, la ragazzina nota una sfera di luce che solo lei sembra riuscire a vedere. Rincorsa per tutta la casa, la sfera di pura energia va a infilarsi in un particolare specchio portatile a forma di cuore che proprio poco prima il premuroso nonno aveva regalato alla bambina. Mai, guardando nello specchio, nota che la sua immagine non viene riflessa e che al suo posto sembra esserci un'altra dimensione fatta di tante sfere lucenti. Una strana creatura, fuoriuscendo dal piccolo specchio e infilatasi in uno più grande, materializza uno strano braccialetto che rotea fuori dallo specchio fino a infilarsi sul suo polso: il folletto cerca di spiegare alla ragazzina che con esso potrà realizzare il suo sogno che lui vede già riflesso nello specchio. La bambina però, non riuscendo a vedere niente per la troppa luce, costringe Topo (Moko, in Italia), questo il nome del folletto, a infilarsi nel corpo di un peluche dalle sembianze di uno scoiattolo volante, trovato fra le scatole della stanza, dando così vita al buffo e tenero pupazzo. Senza troppe domande il simpatico essere convincerà Mai a provare i suoi poteri, che la bambina userà per la prima volta proprio per salvare e chiudere uno spettacolo dei Magical-Art...