La storia ha come protagonista Sayuri Haruno, una ragazza iscritta alla scuola per pasticceri Fleurir con il sogno di aprire un giorno un'attività tutta sua. Nel suo stesso corso troverà però vari affascinanti compagni che aspirano a diventare anche loro mastri pasticceri.
Avete presente il cartone siamo fatti così che spiegava il funzionamento del nostro corpo? Ecco vi presento la sua forma in versione Anime!! In un corpo umano adulto sono presenti almeno centomila miliardi di cellule tra globuli rossi, globuli bianchi, piastrine, e innumerevoli altre, che coesistono tra di loro in perfetta armonia. La storia racconta le avventure di alcune di queste cellule, che in forma antropomorfa fanno del loro meglio per mantenere in perfetta salute il corpo che le ospita, assicurandone i fabbisogni e proteggendolo dalle malattie.
Fairy Tail è ambientato in un mondo immaginario chiamato Earthland dove la magia viene comprata e venduta come una merce qualsiasi ed è parte integrante della vita quotidiana dei suoi abitanti. Su Earthland sono presenti vari continenti, tra i quali Ishgar e Alakitasia. Ishgar (大陸 Ishugaru?) è un continente a forma di penisola, suddiviso in molti regni. Uno tra questi è il Regno di Fiore, un paese neutrale di 17 milioni di abitanti, dei quali soltanto il 10% è specializzato nell'uso della magia e pertanto rientrante negli individui denominati maghi. Molti di loro compiono lavori su commissione che solo loro sono in grado di svolgere e sono riuniti in diverse gilde sparse per tutto il paese, riunite a loro volta in leghe regionali. Le gilde legali sono associazioni formate da gruppi di maghi e maghe che collaborano attivamente allo svolgimento di missioni su commissione per conto di coloro che ne richiedono i servigi. Sono riconosciute ufficialmente dal concilio e non è ammesso nessuno scontro tra di loro. La gilda Fairy Tail, situata nella città di Magnolia e che vede al suo interno i protagonisti della storia, è famosa per il carattere esuberante e per il grande potere dei suoi membri. Nel tempo questa corporazione è entrata più volte in contrasto con il Concilio a causa dell'anomalo comportamento dei suoi maghi e per il modo a volte disastroso e incurante con cui essi compiono il proprio lavoro, motivo per cui in fondo il popolo li ammira. Occupano un ruolo di prominenza nel regno anche le gilde Sabertooth, Blue Pegasus e Lamia Scale. Le gilde oscure sono invece associazioni di maghi che vivono nell'illegalità, portando avanti numerosi traffici illeciti e criminosi. Molte di queste hanno come membri maghi dediti alla magia nera, alla distruzione fine a sé stessa e alla sete di sangue e potere. Escludendo casi particolari, la maggioranza delle gilde vive sottoposta ufficiosamente e pagando periodici tributi a quella che è nota come l'Alleanza Baram (バラム同盟 Baramu Dōmei?), composta da tre grandi e potenti gilde: Oracion Seis, Grimoire Heart e Tartaros. Una gilda oscura che non fa parte di questo schieramento è Raven Tail, la quale entra successivamente a far parte delle gilde legali. Esiste infine una gilda definita indipendente, Crime Sorcière, guidata da Gerard Fernandez. Nonostante non sia riconosciuta dal concilio, essa rimane un'associazione di maghi che agisce con gli stessi ideali delle gilde legali. L'operato delle gilde è controllato e regolato da un organo supremo, il concilio della magia . Esso è composto da nove membri più il presidente in capo. Avendo numerosi legami con il Governo, il Concilio possiede una propria autonomia gestionale e di azione che le concede poteri giuridici e coercitivi, nonché di una squadriglia militare al suo servizio che mette in atto gli emendamenti del Concilio stesso, chiamata Cavalieri della Runa. Il Concilio può inoltre assegnare il titolo di "mago sacro", attribuito ai possessori di un notevole potere magico che si sono fregiati di meriti particolari. La potenza dei 10 maghi sacri è pari ad eccezione dei primi quattro membri e tale titolo non è necessariamente dato ai 10 maghi più potenti. Alakitasia è l'altro continente conosciuto presente su Earthland e in esso è situato l'impero Alvarez, governato dal mago oscuro Zeref, considerato fautore dell'oscurità all'interno del mondo della magia. In Fairy Tail esistono anche altri mondi oltre ad Earthland: il mondo degli spiriti stellari ed Edolas. Nel primo vi vivono appunto gli Spiriti Stellari , i quali sono particolari creature magiche che possono essere evocati dai maghi grazie a delle particolari chiavi magiche. Tra di loro gli spiriti appartenenti alle costellazioni dello zodiaco sono i più rari e potenti. Oltre a loro esiste il re degli Spiriti Stellari, che regola e comanda il mondo da cui provengono. Edolas è invece un mondo parallelo in cui gli abitanti sono veri e propri sosia degli abitanti di Earthland, ma con caratteristiche fisiche o caratteriali completamente opposte.