Seiji Sawamura è lo studente più forte della sua scuola e con il suo fortissimo braccio destro è in grado di mettere al tappeto qualsiasi avversario. A causa dei continui combattimenti cui si sottopone il suo rendimento scolastico è molto basso e solo pochi compagni lo considerano un idolo, da tutti gli altri viene considerato un vero teppista, cosa che tra l'altro non gli permette di trovare una ragazza. Una però, Midori Kasugano (che frequenta una diversa scuola), di nascosto, lo stima e lo ama, anche se non riesce a dichiararsi. Preso dalla disperazione per i continui insuccessi amorosi, Seiji dirà di essersi rassegnato ad invecchiare unicamente con la sua mano destra come compagna di vita. La mattina dopo però, quando si sveglia, avrà una sorpresa incredibile: al posto della sua mano destra ora si trova una Midori in miniatura (viva e identica all'originale).
Prima serieLucia Nanami, Principessa sirena dell'Oceano Pacifico del Nord, giunge sulla terraferma con il pinguino Hippo, suo compagno e aiutante, per ritrovare la sua perla rosa, gioiello perduto 7 anni prima nel salvare Kaito, un bambino umano caduto da una nave a causa di un naufragio e del quale si era innamorata perdutamente. Sulla terraferma, Lucia incontra Hanon, la principessa dell'oceano Atlantico del Sud, che diventa la sua migliore amica insieme a Rina, la principessa dell'Atlantico del Nord.Lucia incontra nuovamente Kaito, che però, a causa dell'aspetto umano assunto dalla sirena, non la riconosce, e lei non può rivelargli la sua vera identità né il suo amore per lui perché altrimenti si trasformerebbe in schiuma di mare.Mentre il legame tra Lucia e Kaito si fa sempre più intimo, gli oceani sono gravemente minacciati: aiutato dalle Dark Lovers e dalle Black Beauty Sisters, Gaito (fratello di Kaito), membro e capostipite della famiglia dei Panthalassa, devasta i regni delle sette Principesse sirene per impossessarsi delle loro perle. Il compito di Lucia e le sue amiche è quello di riunire tutte e sette le principesse e invocare la leggendaria Regina dei Mari, l'unica in grado di fermarlo. Grazie alle loro perle, le Principesse possono trasformarsi in cantanti e combattere i nemici con il potere della loro voce.Seconda serieKaito parte per un viaggio alle Hawaii, ma qui, a causa di un incidente mentre fa surf, perde la memoria e viene soccorso da una ragazza con problemi di salute, Mikaru che si innamora di lui. Tornato a casa con lei, il ragazzo recupera i ricordi, a parte quelli riguardanti Lucia e le Principesse sirene, che intanto aspettano la nascita della nuova Principessa sirena dell'oceano Indiano, Seira; tuttavia, l'angelo Mikeru cattura l'anima della principessa prima che nasca. Lucia, aiutata dalle altre Principesse sirene, deve recuperarne i frammenti, ma anche fare in modo che Kaito si ricordi del suo amore per lei e non s'innamori di Mikaru.
Protagonista della storia è Strawberry Momomiya (Ichigo Momomiya), una ragazza di 13 anni. Durante il suo primo appuntamento con Mark Aoyama (Masaya Aoyama), a una mostra sugli animali in via d'estinzione, viene colpita da un misterioso raggio che trasferisce nel suo patrimonio genetico il DNA di una specie animale molto rara, il gatto selvatico di Iriomote. Da quel momento Strawberry è in grado di trasformarsi in Mew Berry (Mew Ichigo). I responsabili dell'accaduto sono due ragazzi, Ryan Shirogane (Ryo Shirogane) e Kyle Akasaka (Keiichiro Akasaka), i quali la invitano a lavorare nel loro locale, il Caffè Mew Mew, usato come copertura per il loro importantissimo progetto segreto: il Progetto Mew.I ragazzi le spiegano che degli extraterrestri stanno minacciando la Terra e che solo la formazione di una squadra di supereroine, le Mew Mew, potrà contrastarli ed evitare la distruzione della razza umana. Ogni componente del gruppo è stata selezionata perché idonea a ricevere il DNA di alcune specie di animali in via d'estinzione, proprio come accaduto a Strawberry, e da questo DNA può trarre i poteri e la forza necessari ad affrontare e combattere i nemici. Il gruppo è formato da cinque elementi e Strawberry avrà il compito di trovare e radunare le quattro ragazze mancanti: la benestante Mina Aizawa (Mint Aizawa), la timida Lory Midorikawa (Lettuce Midorikawa), l'esuberante acrobata Paddy Wong (Pudding Wong) e la famosa modella Pam Fujiwara (Zakuro Fujiwara).In città sono comparse delle creature mostruose e distruttive, chiamate Chimeri, frutto della fusione tra la forza vitale di un animale o di un umano e un alieno-parassita simile a una medusa. La loro apparizione è opera dell'alieno Quiche, il quale a sua volta assiste ed esegue gli ordini di Profondo Blu (Deep Blue), un'entità misteriosa che considera gli umani esseri inferiori di ostacolo ai suoi oscuri piani.Le Mew Mew intervengono di volta in volta per sventare le offensive di Quiche che, nonostante si rammarichi di non poter soddisfare le aspettative del suo leader, allo stesso tempo sembra sempre più attratto dall'abilità delle sue nemiche e in particolar modo da Strawberry/Mew Berry, della quale finisce per innamorarsi.La lotta continua tra le Mew Mew e gli alieni, fino a che si aggiungono nuovi nemici: Pie e Tart, due alieni amici di Quiche. Fa anche la sua apparizione il Cavaliere Blu, un personaggio enigmatico, che accorre ogni volta a proteggere Strawberry nei momenti di pericolo, sostenendo che questo è il suo compito. Nel frattempo si fa sentire sempre di più la presenza e l'esistenza della cosiddetta Aqua Mew, un potente cristallo che tutti desiderano ma la cui ubicazione è sconosciuta. Esso potrebbe cambiare le sorti della battaglia, permettendo alle Mew Mew di salvare il pianeta, oppure agli alieni di dare via al tanto agognato risveglio di Profondo Blu, il cui potere sarebbe definitivamente in grado di spazzare via la razza umana, permettendo agli alieni di tornare sulla Terra.Seconda serieStrawberry è a Londra con Mark e il suo ruolo nel gruppo viene assunto, fino al suo ritorno, da una nuova paladina della giustizia, Berry Shirayuki, che si trasforma in Love Berry (Mew Berry), avente il DNA del gatto selvatico delle Ande e del coniglio nero di Amami. Insieme a lei fanno la loro comparsa anche dei nuovi nemici: i Saint Rose Crusaders, dotati di un potere speciale, che vogliono eliminare tutte le uniformi scolastiche del mondo. Ma non sono solo nuovi nemici a comparire. Arriva anche Tasuku Meguru, amico di infanzia di Berry e suo vicino di casa.