Dopo il salvataggio dei suoi simili, Abe fa ritorno nella sua terra nativa, dove verrà festeggiato come un eroe. Ma proprio durante i festeggiamenti Abe, per colpa della sua goffaggine, cade per terra e batte la testa, perdendo i sensi; durante questo breve periodo di incoscienza, i sacri spiriti degli sciamani del suo villaggio, ormai profanati, avvertiranno Abe di una nuova minaccia da parte dei Glukkon, intenti a saccheggiare la necropoli degli antenati dei Mudokon, il Necrum, per tritare le loro ossa e ricavare da esse un tipo di bibita; allora Abe si ritroverà di nuovo nel ruolo di eroe pronto a sconfiggere i Glukkon sabotando la loro industria e a salvare tutti i compagni schiavi detenuti nello Stabilimento Tempesta d'Anime.
La prima tappa sono le Miniere Necrum, dove vengono estratte le ossa dei cadaveri Mudokon. Abe arriverà qui insieme a 5 altri Mudokon, che poi diventeranno malati per aver ceduto nel bere la bibita Tempesta d'Anime. Dopo aver fatto saltare in aria le miniere, Abe si ritroverà nel Necrum, ovvero il cimitero tribale dei Mudokon. Da qui, Abe dovrà raggiungere le tombe delle tribù dei Mudomo e dei Mudanchee per liberare gli spiriti dei Mudokon. Gli sciamani chiameranno Abe dopo aver liberato gli spiriti e, attraverso un fulmine, gli incideranno un tatuaggio sul petto, che servirà per guarire i Mudokon malati.
Dalle miniere Necrum ormai distrutte, dove si trovavano i 5 compagni che lo hanno accompagnato, Abe arriverà al Deposito Feeco, una sorta di stazione da dove è possibile raggiungere, oltre alle Miniere e ai vecchi Mattatoi Ernia, la Caserma degli Slig, lo Spaccaossa e lo stabilimento Tempesta d'Anime. Il deposito, lo Spaccaossa e la Caserma degli Slig hanno un Glukkon come dirigente della struttura, ed Abe dovrà riuscire ad impossessarsene per aprire i cancelli elettrici per lo stabilimento.
Dopo aver aperto i cancelli, Abe arriva allo stabilimento Tempesta d'Anime, dove viene prodotta la bibita. Qui, Abe scopre anche che alcuni Mudokon sono imprigionati in apparecchi chiamati "Estrattori di lacrime", altro ingrediente segreto della bibita (nota: i Mudokon che libererete da questi marchingegni saranno malati). Come i Mattatoi Ernia, lo stabilimento è diviso in 15 Zulag, alla fine dei quali Abe, attivando una ruota, saboterà la caldaia principale, provocando così l'esplosione dello stabilimento. Dovrà riuscire a fuggire e salvare i Mudokon rimasti in 4 minuti, altrimenti verrà liberato un gas tossico.